Minęło kilkanaście lat od chwili zwycięstwa Fremenów nad imperialnymi siłami i harkonneńską armią. Teraz cesarzem wszechświata jest Paul Atryda, a Arrakis, wraz z miastem Arrakin, stało się ośrodkiem władzy. Siostra Puala, Alia, posiada własny, wręcz fanatyczny, kult, Paul jawi się niczym bóstwo-wyzwoliciel. Potomek Atrydów jednak nie jest wielbiony przez wszystkich. Jego żona, księżniczka Irulana, córka poprzedniego władcy, wraz z Gildią Kosmiczną i Bene Gesserit spiskuje przeciwko władzy Paula. Zarówno Irulanie jak i potężnym ośrodkom szkoleniowym starego imperium, nie podoba się odsunięcie na drugi tor.

Młody Atryda jednak zmaga się z o wiele okrutniejszym wrogiem – swoim własnym umysłem. Dar jasnowidzenia okazuje się przekleństwem. Wiedząc jednak co się wydarzy, Paul decyduje się na dramatyczny krok, który jest dla niego oczywisty i okazuje się jedyną ścieżką, wśród miliardów dróg, ukazujących się w jego wizjach. Nie jest jedynym cierpiącym. Alia również wpada w pułapki, które zastawia na nią zmieniony wodą życia umysł.

Mesjasz Diuny, tak jak Diuna, dotyka ważnych problemów zarówno politycznych, jak i odpowiedzialności, władzy, mesjaństwa i szaleństwa. Teraz wrogiem nie są Harkonnenowie czy Cesarz. Teraz pułapki są ukryte głębiej, nie można wierzyć nawet własnym myślom.

Ekologia schodzi na dalszy plan, nie ma tu ruchów wojsk, potyczek pustynnych. Akcja jest mniej wielowątkowa, bardziej skondensowana. Paul musi wciąć odpowiedzialność za swoje zwycięstwo: poświęcić siebie czy przyszłość ludzkości?